A pesar del fuerte arraigo en Andalucía de la pesca, últimamente ha descendido como consecuencia del ingreso en la U.E., la integración en la P.Q.C., pero también por las condiciones geográficas de los litorales andaluces, el agotamiento de los recursos pesqueros en las aguas limítrofes y la dificultad de acceder a caladeros tradicionales.
La flota de pesca andaluza cuenta con más de dos mil buques (15% de la flota española). Por tonelaje es inferior a la nacional y por antigüedad, está en una posición intermedia entre las flotas artesanales de otras comunidades mediterráneas y las modernas de base como los puertos del Cantábrico.
Por las características de la flota, su especialidad y naturaleza de las especies capturadas, distinguimos entre los puertos atlánticos y mediterráneos; los principales puertos pesqueros son: Adra y Almería, en Almería; Motril, en Granada; la Caleta de Vélez y Estepona en Málaga; Cádiz y el Puerto de Santa María, en Cádiz; Isla Cristina y Punta Umbría, en Huelva.
La edad de oro de la pesca andaluza fueron los años setenta. A partir de entonces han disminuido la flota y el volumen de pesca por diversos motivos como la disminución de capturas y la comercialización por distintos canales de distribución. A pesar de ello, la pesca conserva gran significado económico, social y cultural.
La acuicultura ha evolucionado mucho, con muchas instalaciones, productores y empresas e instituciones que realizan labores de investigación. Las principales especies cultivadas son la lubina, la trucha, el esturión, el langostino y la anguila.